Michael Scofield ist ein erfolgreicher Ingenieur, doch die Verurteilung seines Bruders Lincoln Burrows stellt sein Leben auf den Kopf. Lincoln wurde wegen eines brutalen Mordes zum Tode verurteilt und wartet im Fox-River-Staatsgefängnis auf seine Hinrichtung. Obwohl die Beweise gegen ihn erdrückend wirken, ist Michael überzeugt, dass sein Bruder unschuldig ist. Um Lincoln zu retten, schmiedet er einen riskanten Fluchtplan: Michael überfällt eine Bank und wird daraufhin ebenfalls in Fox River inhaftiert. Gemeinsam wollen die Brüder aus dem Gefängnis entkommen und Lincolns Unschuld beweisen. Dabei kommt Michael sein Beruf zugute: Als Ingenieur hat er Gefängnisse entworfen und besitzt die Baupläne von Fox River.