Während eines IMF-Einsatzes im Kreml wird Ethan Hunt Zeuge eines verheerenden Bombenanschlags. Der IMF gerät unter Verdacht, doch die Regierung leugnet die Existenz der Geheimorganisation und aktiviert das Phantom-Protokoll. Als auch noch der einzige Verbindungsmann des Teams ermordet wird, tauchen Ethan und seine Mitstreiter unter. Auf eigene Faust verfolgen sie die Spur des Attentäters – bis nach Dubai, wo sie dem mysteriösen Hendricks näherkommen.