200 Jahre nach ihrem Tod wird Ellen Ripley von skrupellosen Militärwissenschaftlern an Bord des terranischen Raumkreuzers U.S.M. Auriga wiederbelebt. In einer Reihe von Klonexperimenten verändern sie die Gene ihrer Überreste so lange, bis sowohl Ripley als auch die Alien-Königin in ihrem Körper lebensfähig sind. Entgegen aller Erwartungen übersteht Ripley die anschließende Operation, bei der die Königin aus ihrem Körper entfernt wird. Die Wissenschaftler wollen die Xenomorphs für militärische Zwecke züchten und benötigen dafür Wirte. Weltraumpiraten versorgen sie mit entführten Kolonisten. Schon bald schlüpfen die ersten Aliens und werden in vermeintlich ausbruchsicheren Käfigen eingesperrt.