Kubo ist der Sohn eines legendären Samurai und einer Göttin, die über magische Kräfte verfügt. Doch noch muss er lernen, seine eigenen Fähigkeiten zu kontrollieren. Als er versucht, das Geheimnis um seinen verstorbenen Vater zu lüften, ruft er versehentlich den mächtigen Mondkönig herbei. Von Rache getrieben, steigt dieser zur Erde hinab und bringt das ganze Dorf in Gefahr. Nun liegt es an Kubo, seine Magie zu meistern und zu dem Helden heranzuwachsen, der er sein soll.