Nach ihrem endgültigen Triumph über den bösen Schredder ziehen sich die vier Ninja-Schildkröten gemeinsam mit Meister Splinter wieder in die New Yorker U-Bahn zurück. Während sie dort täglich trainieren, macht sich zunehmend Langeweile breit. Da kommt ihnen der Besuch ihrer Freundin April gerade recht: Sie bringt ein antikes Zepter aus dem feudalen Japan mit. Doch das vermeintliche Geschenk entpuppt sich als Zeitmaschine. Es schleudert April ins Japan des 17. Jahrhunderts und bringt im Gegenzug einen japanischen Feudalherrn nach New York. Die vier Schildkröten brechen sofort auf, um April zu retten. Währenddessen kümmern sich Splinter und ihr Freund Casey Jones um die Japaner, die an ihrer Stelle in der Gegenwart gelandet sind.