Der US-Karatechampion Sean reist mit seinen Teamkollegen auf eine kleine Karibikinsel, um an einem Wettkampf teilzunehmen. Dort erfährt er, dass Präsident General Andreas und sein Geldgeber Cobra vor Jahren seinen Vater bei einem Terroranschlag ermordet haben. Cobra nutzt die East Bay Labs als Tarnung für seine kriminellen Machenschaften und Genexperimente. Die Fabrik wird von einer scheinbar unbesiegbaren Ninja-Truppe bewacht, die von der attraktiven Chan Lee angeführt wird.

Gemeinsam mit seinen Freunden Dexter und Jackson stellt sich Sean Cobra und seinen Ninjas entgegen. Schließlich schlägt sich auch Chan Lee auf ihre Seite – doch der Kampf fordert einen hohen Preis: Sowohl sie als auch Dexter kommen ums Leben. Am Ende werden Cobra und seine Ninjas besiegt.