Nach 14 Jahren erwacht Shinji an Bord der AAA Wunder, eines Schlachtschiffs der Anti-NERV-Organisation WILLE. Die Gruppe wurde von Misato und weiteren ehemaligen NERV-Mitgliedern gegründet. Shinji hatte alles riskiert, um Rei zu retten, doch bislang konnte nur er aus der EVA-Einheit 01 geborgen werden.

Als EVA-09 das Schlachtschiff angreift, glaubt Shinji, Reis Stimme zu hören. Er lässt sich von der EVA-Einheit mitnehmen und wird zur nahezu vollständig zerstörten Geofront gebracht. Dort versucht er, sich in der fremden Umgebung zurechtzufinden, und begegnet dem geheimnisvollen Kaworu Nagisa. Gemeinsam machen sie sich auf die Suche nach Rei. Dabei kommen sie verstörenden Wahrheiten über die Engel, NERV und die Evangelion auf die Spur – und erfahren, dass Shinjis Rettungsversuch den Third Impact ausgelöst und die Erde schwer verwüstet hat.