Die Vergangenheit holt Agent K ein: Vor 40 Jahren nahm er den gefährlichen Alien-Verbrecher Boris fest – und kostete ihn dabei einen Arm. Seitdem sitzt Boris in einem geheimen Gefängnis auf dem Mond und schwört Rache. Mithilfe der attraktiven Lilly gelingt ihm schließlich die Flucht, und er macht sich auf die Suche nach K. Sein Plan geht jedoch weit über einen Mord hinaus: Boris will in die Vergangenheit reisen, K töten und dabei seinen verlorenen Arm retten.

Als K plötzlich spurlos verschwindet und sich nur sein Partner Agent J noch an ihn erinnert, scheint Boris’ Vorhaben geglückt zu sein. Doch J gibt nicht auf: Er reist ebenfalls in die Vergangenheit und verbündet sich mit dem jungen K, um Boris aufzuhalten und die Zukunft zu retten.