Im späten 21. Jahrhundert entdecken Forscher in den Überlieferungen verschiedener antiker Kulturen – darunter der Azteken und der Mesopotamier – rätselhafte Darstellungen, die einer Sternenkarte ähneln. Die Wissenschaftlerin Dr. Elizabeth Shaw sieht darin eine Einladung und macht sich mit einem Forschungsteam auf, das Geheimnis zu entschlüsseln. Finanziert wird die Expedition vom Weyland-Konzern, gegründet vom visionären Unternehmer Peter Weyland. Meredith Vickers koordiniert und überwacht die Mission, während Captain Janek die Crew des Raumschiffs anführt. Ihre Reise führt sie bis an den Rand des bekannten Universums und in eine Welt, die alles übersteigt, was sie sich vorgestellt haben. Dort stoßen sie auf Hinweise, die den Ursprung der Menschheit erklären könnten – und zugleich eine tödliche Bedrohung für das Überleben der menschlichen Rasse offenbaren.