In Phineas und Ferb – Der Film: Quer durch die 2. Dimension verschlägt es Phineas, Ferb und ihr Haustier Perry das Schnabeltier in ein rätselhaftes Paralleluniversum. Dort muss Perry seine geheime Identität als Geheimagent enthüllen, um die beiden vor Dr. Doofenschmirtz zu schützen. In dieser Dimension ist der Bösewicht besonders mächtig und hat die gesamte Tri-State Area unter seine Kontrolle gebracht.

Zusammen mit ihren Freunden und einer geheimen Widerstandsgruppe, angeführt von Candace, stellen sich die drei gefährlichen Monstern und einer Armee bizarrer Roboter. Dabei greifen sie auf die Erfindungen zurück, die Phineas und Ferb im Laufe des Sommers gebaut haben, um Doofenschmirtz’ finstere Pläne endgültig zu vereiteln. Doch kann der Bösewicht am Ende gewinnen – und schafft es Candace diesmal, ihre Brüder bei den Eltern zu verpetzen?