Die Zylonen wurden von den Menschen erschaffen, um ihnen als gehorsame Roboter zu dienen. Doch sie rebellierten, entwickelten sich weiter und können inzwischen wie ihre Schöpfer aussehen. Ihr Ziel ist ebenso einfach wie radikal: Sie wollen die Menschheit auslöschen. Ein verheerender Angriff der Maschinenwesen bringt die Menschheit an den Rand der Vernichtung. Einige Überlebende entkommen jedoch und fliehen in die Weiten des Weltraums. Um ihren Plan zu vollenden, müssen die Zylonen ihre Strategie anpassen. Zwei ihrer mächtigsten Anführer schlagen getrennte Wege ein, um die letzten Menschen aufzuspüren und zu vernichten.