Um die Schatten seiner Vergangenheit endgültig hinter sich zu lassen, muss Jason Bourne sich seiner Herkunft stellen. Das illegale Programm, das ihn einst hervorgebracht hat, wird heimlich weitergeführt. Während Bourne den Tod seiner Freundin rächen will, erhält er Unterstützung von Nicky, einer ehemaligen Agentin, und CIA-Agentin Landy. Doch CIA-Direktor Vosen hat bereits seine Auftragskiller auf Bourne angesetzt, um jede Bedrohung für das Fortbestehen des Projekts auszuschalten.