Spanien, 1944: Fünf Jahre nach dem Ende des Bürgerkriegs leisten republikanische Partisanen in den Bergen des Nordens weiterhin Widerstand gegen das faschistische Franco-Regime. Die elfjährige Ofelia zieht mit ihrer schwangeren Mutter Carmen in die umkämpfte Gegend. Ihr Stiefvater, Hauptmann Vidal, besteht darauf, dass Carmen bei ihm ist, wenn das gemeinsame Kind zur Welt kommt.

Vidal soll den Widerstand zerschlagen und setzt dabei auf brutale Methoden – sowohl gegen die Rebellen als auch gegen Menschen, die er für ihre Unterstützer hält. Ofelia entkommt der bedrohlichen Wirklichkeit, indem sie in Bücher über Elfen und fantastische Wesen eintaucht. In einem Labyrinth nahe dem Landsitz begegnet sie eines Tages einem Pan. Er erklärt ihr, sie sei in Wahrheit die Tochter eines Königs aus einem unterirdischen Reich. Um zu ihrem Vater zurückzukehren, muss Ofelia drei gefährliche Prüfungen bestehen.