Im neuen Abenteuer wollen Alex, Marty, Melman und Gloria endlich Madagaskar verlassen. Nach ihrer langen Odyssee auf der Insel sehnen sie sich nach ihrer Heimat: dem Zoo im New Yorker Central Park. Die Pinguine bringen ein altes Flugzeugwrack mit reichlich Klebeband wieder in Schuss – und die Reise kann beginnen. Mit an Bord sind auch die Schimpansen Mason und Phil sowie König Julien und sein Privatsekretär Maurice. Der Start gelingt, doch weit kommen die Passagiere nicht: Schon in Afrika stürzt das notdürftig reparierte Flugzeug mitten in der Steppe ab. Dort begegnen Alex und seine Freunde nicht nur zahlreichen Artgenossen, sondern auch Alex’ eigener Familie. Damit beginnt ein neues, turbulentes und urkomisches Abenteuer.