Im 21. Jahrhundert gilt die Insel als letzter sicherer Zufluchtsort auf einer verseuchten Erde. Auch Lincoln Six-Echo träumt davon, dorthin zu gelangen und ein neues, glückliches Leben zu beginnen. Doch er lebt in einer streng überwachten Einrichtung, in der alle Bewohner auf dieselbe Chance hoffen. Mit der Zeit wachsen jedoch seine Zweifel. Als Lincoln entdeckt, dass er und die anderen Klone sind, deren Körperteile als Ersatz für ihre menschlichen Originale dienen sollen, beschließt er zu fliehen. Gemeinsam mit Jordan Two-Delta wagt er den Ausbruch. Nun wollen beide den Verantwortlichen entkommen – und sie für das erlittene Unrecht zur Rechenschaft ziehen.