Jason Bourne lebt mit seiner Partnerin Marie zurückgezogen in Indien. Obwohl er noch immer an Amnesie leidet, wird er Nacht für Nacht von Albträumen heimgesucht. Als in Berlin zwei Agenten ermordet werden, gerät Bourne unter Verdacht. Die CIA nimmt die Verfolgung auf und zwingt Jason und Marie zur Flucht. Doch als CIA-Killer Marie töten, schlägt Bourne zurück und nimmt die Jagd auf seine Gegner auf.