Der junge Sprachwissenschaftler Milo Thatch ist eher tollpatschig – doch das hält ihn nicht davon ab, sich auf die gefährliche Suche nach dem sagenumwobenen Atlantis zu begeben. An seiner Seite: ein Team ungewöhnlicher Experten, darunter der exzentrische Sprengmeister Vinny, die schlagfertige Anna, der humorvolle Buddler Boudelaire und weitere eigenwillige Abenteurer. Als Milo und seine Gefährten das versunkene Reich und seine Bewohner tatsächlich finden, werden selbst seine kühnsten Erwartungen übertroffen. Doch ihm bleibt kaum Zeit, Atlantis gemeinsam mit der faszinierenden Prinzessin Kida zu erkunden: Der skrupellose Expeditionsleiter Rourke will die geheimnisvolle Energiequelle der Stadt an sich reißen. Können Milo und Kida Atlantis vor dem endgültigen Untergang bewahren?