In New York wird eine Jugendbande immer mächtiger. Angeführt wird sie vom japanischen Ninja-Meister Shredder, dessen wachsender Einfluss die Polizei zunehmend machtlos zurücklässt. Nur vier mutierte Schildkröten können der kriminellen Bande noch entgegentreten. Unter der Anleitung der weisen Ratte Splinter, die ebenfalls durch eine Mutation entstanden ist, haben sie herausragende Ninjutsu-Fähigkeiten entwickelt und kämpfen für das Gute.

Bei einem ihrer Einsätze begegnen die grünen Helden schließlich persönlich ihrer großen Schwärmerei: der Reporterin April O’Neil. Doch die Freude über dieses lang ersehnte Treffen währt nicht lange. Ihre Gegner haben das Versteck der Schildkröten in der Kanalisation entdeckt und Splinter entführt.