Die Turtles glaubten, ihren Erzfeind Shredder endgültig besiegt zu haben – doch sie irrten sich. Der Schurke ist quicklebendig und arbeitet daran, die Foot Gang wieder aufzubauen. Für seinen Rachefeldzug gegen die Schildkröten erschafft er mit dem geheimnisvollen Ooze, das einst auch die Turtles mutieren ließ, zwei neue Mutanten. Gegen diese Gegner scheint das Quartett nahezu machtlos. Ihre einzige Hoffnung ist der Wissenschaftler Jordan Perry. Doch ausgerechnet er befindet sich derzeit in Shredders Gefangenschaft.