Im Jahr 1938 erhält Doktor Jones von einem Museumsmäzen den Auftrag, den Heiligen Gral zu finden – eine der bedeutendsten Reliquien des Christentums. Jones hält sich zunächst für den falschen Ansprechpartner: Sein Vater Henry sei der eigentliche Experte. Doch bald erfährt er, dass Henry die Suche bereits begonnen hat und inzwischen spurlos verschwunden ist.

Entschlossen, seinen Vater zu finden, macht sich der Doktor gemeinsam mit Museumskurator Marcus Brody auf den Weg nach Europa. Ihr Ziel: den Kelch aufzuspüren, aus dem Jesus beim letzten Abendmahl getrunken haben soll und der sein Blut am Kreuz aufgefangen haben soll. Doch sie sind nicht die Einzigen, die dem Gral nachjagen. Auch Hitlers Anhänger wollen die sagenumwobenen Kräfte des Kelches für sich nutzen – schließlich soll er ewiges Leben verleihen.