Sonic, Knuckles und Tails stehen einem neuen, außergewöhnlich starken Gegner gegenüber: Shadow. Der geheimnisvolle Bösewicht besitzt nahezu unvorstellbare Kräfte und scheint dem Team Sonic in jeder Hinsicht überlegen zu sein. Um ihn aufzuhalten und die Erde zu retten, müssen die drei eine unerwartete Allianz eingehen.